明治４３年、創立者文学博士遠藤隆吉が硬教育（努力主義）による英才早教育と人間研究の実践を目指し、私塾「巣園学舎」を創設。大正１１年旧制巣鴨中学校設立、翌１２年旧制巣鴨商業学校併設、昭和２３年学制改革で中学校、高等学校、商業高等学校の３校を併置し現在に至る。

＜教育方針＞
「建学の趣旨」「教育の根本理念」に基づいて、生徒一人ひとりが時の流行に左右されず、人として堅実な生き方を見つけることができるよう、勉強・クラブ活動・行事等を通して、暖かくまた時には厳格に見守りながら、有為な人材の育成に寄与したいと考えている。

＜教育の特色＞
◎中学校から６カ年一貫の英才早教育を行い、全教科を計画的、効率的に配分している。中２で中３の課程を終了し、中３で高校課程に入る。高２では進路希望により「文数系」・「理数系」に分かれ、高２で高３の課程を終了する。高３では本校独自の再学習総整理をかねる進学訓練実践期間として、受験時の志望に合わせた週２４時間の選択授業を行い集中的受験体制をとっている。
◎高校から入学する生徒は、高３で希望により「文数系」・「理数系」に分かれ、選択授業では中学からの生徒と一緒になって大学受験に向かう。
◎文武両道を旨とし、「全校有段者主義」を掲げ、中学校では剣道、高等学校では柔・剣道を選択必修の正課としている。初心者から始めても、卒業までに初段以上の取得を目指している。また、勉強と両立する学校行事を活発に行い、心身の錬成に努めている。

【新入生に望むこと】
少年期は、心も体も学力も著しく成長する時期だが、高いレベルの理想や目標は、自分だけでは実現困難なものばかりである。積極的自覚を持ち、素直で健気な精神と明るい希望に燃える少年を期待する。

■備考
・２０００年度（平成１２年度）より巣鴨商業高等学校の生徒募集は停止した。
・２００６年度（平成１８年度）より高校受験をⅠ期、Ⅱ期に入試要項を変更した。

■進路状況

東京大３０、京都大２、一橋大３、東京医科歯科大（医２）、東京工業大１８、筑波大７（医４）、千葉大９（医１）、東北大２、北海道大３、旭川医科大１、引前大（医）１、秋田大（医）１、山梨大（医）２、信州大（医）５、首都大東京２、横浜私立大（医）２、防衛医科大学校１４、防衛大学校１、早稲田大１１９、慶應義塾大８２、上智大２４、東京理科大９１、東京医科大４、日本医科大６、東京慈恵会医科大８、順天堂大（医９）、昭和大５（医４）、埼玉医科大４、国公私立大医歯薬理工系多数。

○巣園祭（文化祭）
公開

○巣園祭（体育祭）
公開

○修学旅行（3年）
4月に4泊5日
京都・奈良方面

文化部１２、体育部１７、同好会６等、中学・高校各部とも活発な活動を行っている。

無